胃腸是復雜多樣的微生物群落的家園，與人類宿主是共生關系，維護著人體健康。大多數胃腸道微生物具有編碼代謝H?的遺傳能力，這意味著H?可能影響腸道微生物組成。1980年美國Levitt報道，正常成人腸道細菌每天產H?達3000mL，足見H?能改善腸道疾病似乎并不奇怪。
胃潰瘍：2012年中國Liu等報道，注射富氫鹽水可改善小鼠壓力相關性胃潰瘍。2014年中國Zhang等報道，注射富氫水可改善阿司匹林誘導的胃損傷。2015年美國McCarty等報道，給小鼠飲用富氫水可增加胃生長素釋放肽的表達和分泌，顯著增強胃消化功能。同年日本Ichihara等總結了321篇文獻，其中也確認了氫能改善胃損傷的結論。
腸損傷：2008年美國Buchholz等報道，吸氫可緩解大鼠腸移植模型的氧化應激，改善黏膜糜爛和黏膜屏障破壞，減輕術后腸梗阻發生。2009年中國Zheng等報道，注射富氫鹽水可以減輕大鼠腸道I/R損傷。2011年同一個小組Chen等報道，該方法可增強腸收縮能力，防止IVR損傷后發生腸道結構改變。2015年日本Shigeta等也報道了類似發現。
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